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Méthodologie WWARN Explorer

Sources des données

Toutes les données apportées à WWARN sont affichées sur WWARN Explorer (à moins que le contributeur choisisse de les retirer). Chaque Groupe scientifique a transformé, épuré et analysé les données en suivant leurs Plans de gestion et d’analyse statistique des données (DMSAP, de l'anglais Data Management and Statistical Analysis Plans). Vous trouverez des informations plus détaillées sur nos méthodes ci-dessous, par Groupe scientifique : CliniquePharmacologieIn Vitro et Moléculaire.

Les données actuellement présentées dans WWARN Explorer ne sont qu’une petite fraction de l’important corpus de travaux qui existent sur la résistance aux antipaludiques. Si vous souhaitez fournir des données, consultez notre section Partage des données pour en savoir plus sur les avantages de l’apport et notre engagement envers les personnes qui fournissent des données ou écrivez-nous à info [at] wwarn [dot] org.

Méthodes cliniques

Dans toute étude individuelle, l’analyse de l’efficacité clinique des médicaments est choisie en fonction de la justification de l’étude (par exemple, efficacité seule ou analyse comparative lors d’essais cliniques randomisés)1. Pour comparer ces différentes études, WWARN Explorer a recours à une approche uniforme de l’analyse statistique des données portant sur l’efficacité clinique des médicaments comme l’indique le Clinical Data Management and Statistical Analysis Plan2. De ce fait, les paramètres déduits présentés dans WWARN Explorer différeront souvent légèrement des données présentées dans les publications et les comptes rendus d’origine de ces études. 

Classification des résultats

Toutes les observations effectuées sur des patients sont classées selon les définitions de l’Organisation mondiale de la santé (OMS)3. La page d’accueil de WWARN Explorer affiche le taux de guérison au jour 28, car ce paramètre est hautement informatif sur l’efficacité du médicament, et la grande majorité des études suivent les patients pendant au moins 28 jours. Un affichage détaillé présente les jours 28, 42 et 63 comme étant des résultats pertinents pour chaque étude.

Méthodes statistiques

Les estimations de l’efficacité clinique des médicaments données par le réseau WWARN sont présentées à la fois avant et après correction pour tenir compte des réinfections. Ces dernières sont déterminées en fonction des protocoles d’étude locaux par analyse PCR des isolats de parasites lors de l’hospitalisation et au moment de la récidive.

Les estimations de l’efficacité sont calculées selon l’analyse sur la population en intention de traiter modifiée, comme décrit précédemment2. La population évaluable comprend tous les patients inclus dans l’étude avec une parasitémie au jour 0, à l’exception des échecs clinique tardifs (LCF) et des échecs parasitologiques tardifs (LPF), qui sont exclus des calculs corrigés si le génotypage a échoué. Les risques de récidive cumulés, non corrigés et corrigés, sont calculés par analyse de la survie, en utilisant la formule de limite du produit de Kaplan-Meier4. Les données sur les patients perdus de vue avant la fin de l’étude ou sur les patients dont les résultats de frottis sanguins consécutifs sont espacés de plus de 18 jours sont censurées au dernier jour d’observation. Pour les calculs non corrigés, les données sur les patients ayant des parasitémies récurrentes sont censurées au dernier jour de récurrence. Pour les calculs corrigés, les données sur les nouveaux cas d’infection par P. falciparum sont censurées le jour où survient la nouvelle infection.

  Classification des résultats Non corrigés par génotypage Corrigés par génotypage

LCF et LTF

Suivi partiel Censurés Censurés
ACPR Réussite Réussite
ETF Échec Échec
Recrudescence Échec Échec
Nouvelle infection par P. falciparum Échec Censurés
Échec du génotypage Échec Exclus
Nouvelle infection hors falciparum Censurés Censurés

Méthodes de pharmacologie

Les données concernant la pharmacologie ont été organisées selon un format standard prédéfini. Les sorties standard ainsi que les variables clés requises pour l’analyse des données proviennent des données soumises selon le Pharmacology Data Management and Statistical Analysis Plan.

Les résultats pharmacocinétiques décrivent les concentrations mesurées en médicaments au cours du temps et sont actuellement communiqués par médiane et intervalle, et stratifiés par traitement, catégorie d’âge, centre d’étude et réponse au traitement. Les futures versions de WWARN Explorer comprendront l’effet des autres facteurs du patient, tels que la grossesse, les médicaments concomitants ou les comorbidités, sur les propriétés pharmacocinétiques des antipaludiques.

Lorsque la concentration est inférieure à la limite de détection, une valeur équivalente à la moitié de la limite de détection sera utilisée.

Les résultats de WWARN se fondent sur un contrôle hebdomadaire du taux de parasitémie entre le septième jour et le dernier jour du suivi et des résultats PCR, comme l’indique le Clinical Data Management and Statistical Analysis Plan. Un écart d’au moins 18 jours dans les contrôles de la parisitémie est considéré comme une déviation, et les patients dont les résultats de frottis sanguins consécutifs sont espacés de plus de 18 jours sont traités comme s’ils avaient quitté le programme à partir de la dernière observation avant cet écart. Les sujets qui n’ont pas effectué au moins 28 jours de suivi seront exclus des tableaux récapitulatifs, étant donné qu’ils n’auront pas de résultat de traitement.

Les résultats présentés sur WWARN Explorer peuvent différer des résultats publiés, car les critères d’inclusion et d’exclusion, tout comme les méthodes d’analyse, ne sont pas forcément les mêmes.

Méthodes in vitro

Sources des données

Les données sur la sensibilité in vitro des parasites P. falciparum aux antipaludiques affichées actuellement sur WWARN Explorer ont été apportées par le Centre national français de référence du paludisme (CNRP) qui comprend trois laboratoires :

  • CNR-palu Hôpital Bichat - Claude Bernard (Paris),
  • CNR-palu IMTSSA (Marseille),
  • CNR-palu Hôpital La Pitié-Salpêtrière (Paris).

Des patients atteints du paludisme venant consulter dans des hôpitaux français, des immigrants en France et des voyageurs de retour de régions où le paludisme est endémique ont été orientés vers le CNRP qui a prélevé des échantillons pour effectuer des tests de sensibilité in vitro.

Les isolats de P. falciparum ont été incubés avec 5 % de CO2 et 10 à 20 % d’O2. La sensibilité a été mesurée comme étant la concentration en antipaludique qui inhibait la croissance du parasite de 50 % (CI50). Les valeurs de CI50 ont été obtenues par des méthodes isotopiques5 ou des tests ELISA LDHp6.

Les données in vitro provenant de divers chercheurs seront prochainement affichées sur WWARN Explorer.

Méthodes statistiques

De 1984 à 2006, nous avons calculé les valeurs CI50 selon l’analyse polynomiale d HN-NonLin7, un modèle de régression utilisant la transformation logarithmique de la concentration en médicament. Ce modèle nécessite que l’utilisateur décide du degré de lissage.

Depuis 2006, les valeurs CI50 et les intervalles de confiance (IC) à 95 % correspondants ont été calculés à l’aide d’un modèle Emax reposant sur la fonction linéaire des moindres carrés du logiciel R8, également disponible à http://www.antimalarial-icestimator.net.

Les données in vitro sont groupées par pays d’origine, tel que déterminé lors de l’interrogatoire du patient. Les données sont présentées de deux façons différentes pour chaque pays. Les très grands ensembles de données sur WWARN Explorer ont été réunis par trois laboratoires utilisant des protocoles et des réactifs communs. Cela a permis au groupe de définir des valeurs de résistance seuil pour un ensemble de médicaments analysés par chaque laboratoire. En outre, une vaste revue de la littérature montre que la résistance à de nombreux antipaludiques ne s’observe pas sous la forme d’un changement net de sensible à résistant. Cependant, la résistance à la chloroquine peut être définie comme un seuil, à une concentration acceptée de 80 à 110 nM dans le dosage isotopique9,10,11,12,13. Étant donné ces raisons, nous avons utilisé cette mesure pour présenter la plupart des données sur WWARN Explorer.

Les données in vitro sur WWARN Explorer de deux façons :

  • Valeur CI50 médiane des isolats, représentée par un diagramme à surfaces.
  • Les valeurs CI50 de la chloroquine sont également présentées sous la forme du rapport des valeurs CI50 moyennes de l’isolat divisées par la moyenne géométrique d’une souche 3D7 témoin à la même période, pour réduire la variabilité attribuable à des différences de temps, de lieu et de méthodologie.

Dans les versions futures de WWARN Explorer, les données seront analysées selon le In Vitro Data Management and Statistical Analysis Plan et les paramètres IC50 seront calculés en utilisant l’Outil d’analyse in vitro et de présentation des données (l’IVART, de l’anglais In Vitro Analysis and Report Tool). WWARN a développé cet outil pour permettre le traitement haut débit normalisé et l’analyse d’ensembles de données in vitro.

Méthodes des marqueurs moléculaires

WWARN Explorer présente une analyse uniforme de la prévalence des marqueurs comme l’indique le Molecular Data Management and Statistical Analysis Plan. Par conséquent, les résultats sommaires présentés par WWARN Explorer peuvent différer légèrement de ceux parus dans les publications et les comptes rendus d’origine de ces études.

Méthodes statistiques

La prévalence de chaque marqueur est calculée en divisant le nombre d’échantillons comportant l’allèle résistant par le nombre total d’échantillons génotypés à ce locus. Les échantillons utilisés pour les estimations de la prévalence comprennent ceux prélevés au jour 0 des essais cliniques (avant le traitement) et ceux prélevés lors des études transversales ou des études de population.

Pour les génotypes à plusieurs loci comme le triple mutant dhfr (108N + 51I + 59R), les génotypes de résistance sont définis comme l’absence du type sauvage en tous les codons. Les génotypes résistants/sensibles mixtes comprennent tous les échantillons de génotypes résistants comptant jusqu’à un codon mixte résistant/sensible. Les échantillons comptant plusieurs codons mixtes résistants/sensibles ne sont pas inclus dans le numérateur, car on ne peut vérifier la présence d’un véritable génotype de résistance à plusieurs loci.

Génotype Classification
dhfr 108N +51I + 59R Triple mutant pur
dhfr 108N +51I + 59C/R Triple mutant mixte
dhfr 108N +51N/I + 59C/R N’est pas un triple mutant

Les intervalles de confiance des estimations de la prévalence sont calculés en supposant une distribution binomiale : 
IC à 95 % = p ± 1,96 √((p(1-p))/n)

Réferences

  1. Verret et al. The effect of varying analytical methods on estimates of anti-malarial clinical efficacy.Mal J 2009; 8:77
  2. Price R et al. World Antimalarial Resistance Network I: clinical efficacy of antimalarial drugs. Mal J 2007; 6:119.
  3. World Health Organization. Methods for surveillance of antimalarial drug efficacy. 2009.
  4. STATA, 2009. www.stata.com.
  5. Desjardins et al. Quantitative assessment of antimalarial activity in vitro by a semiautomated microdilution techniqueAntimicrob Agents Chemother 1979 Dec; 16(6):710-718.
  6. Makler et al. Parasite lactate dehydrogenase as an assay for Plasmodium falciparum drug sensitivityAm J Trop Med Hyg 1993;48(6):739-741.
  7. Copyright H. Noedl, Armed Forces Research Institute for Medical Sciences (USAMC-AFRIMS, Bangkok, Thailand). www.meduniwien.ac.at/user/harald.noedl/malaria/.
  8. The R Project for Statistical Computing www.r-project.org.
  9. Le Bras et al. Plasmodium falciparum: drug sensitivity in vitro of isolates before and after adaptation to continuous cultureExp Parasitol 1983 Aug; 56(1):9-14.
  10. Le Bras et al. Dichlorquinazine (a 4-aminoquinoline) effective in vitro against chloroquine-resistantP. falciparum. Lancet, 1983, i, 73-74 (letter).
  11. Basco and Le Bras. In vitro activity of chloroquine and quinine in combination with desferrioxamine against Plasmodium falciparumAm J Hematol 1993 Apr; 42(4):389-391.
  12. Pradines et al. In vitro sensitivity of Plasmodium falciparum isolates from Gabon to chloroquine and cycloguanil Bull Soc Pathol Exot 1999 May; 92(2):91-94.
  13. Ringwald and Basco. Comparison of in vivo and in vitro tests of resistance in patients treated with chloroquine in Yaoundé, CameroonBull World Health Organ 1999;77(1):34-33.