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Méthodologie

Termes recherchés sur PubMed : paludisme ET (pfcrt OU pfmdr1) (2000-2014)

Critères d'inclusion :

  • Au moins un génotype pfcrt ou pfmdr1 d'isolat/infection clinique.
  • Données d'origine
  • Infections à l'inclusion/prétraitement
  • Le génotype doit être lié au site/pays d'étude

Critères d'exclusion :

  • Publication non disponible
  • Publication dans une autre langue que l'anglais, le français, l'espagnol ou l'italien.
  • Souches cultivées (par exemple 3D7)
  • Données de génotype déjà publiées (données de publication originale incluses)
  • Infections post-traitement
  • Sélection d'échantillons à l'inclusion biaisée (par exemple, seulement des échecs de traitement, une moitié d'échantillons résistants et une moitié d'échantillons sensibles)
  • Données groupées régionales (c'est à dire d'Afrique de l'Ouest) sur le génotype qui ne permettent pas de déduire l'origine de l'infection au niveau du pays
  • Prévalences génotypiques (en %) présentées dans l'article sans la taille de l'échantillon

Décisions relatives à l'extraction des données

  • Si la prévalence d'un seul allèle (par exemple, pfcrt 76) est présentée dans la publication, la prévalence de l'autre allèle (pfcrt K76) est calculée (à condition que les infections mixtes [pfcrt 76K/T] soient clairement prises en compte).
  • Si seule la prévalence de l'haplotype (par exemple, pfcrt 72-76 ou pfmdr1 86 184 1246) est présentée dans la publication, la prévalence du génotype d'un seul locus (pfcrt 76 ou pfmdr1 86) est calculée à partir des fréquences d'haplotypes (tant qu'il n'y a rien dans la publication qui indique que la prévalence de l'haplotype n'est pas représentative de la prévalence du locus seul).
  • S'il n'y a pas d'informations sur les infections mixtes dans la publication et si la prévalence totale de l'allèle sauvage et de l'allèle muté est >100 %, on suppose alors que les infections mixtes sont incluses dans la prévalence des deux allèles, sauvage et muté.
  • Si les données de la publication sont extraites « telles quelles », les publications citées en référence ne sont pas examinées afin d’y trouver des informations manquantes, l'année ou le site d'étude, etc.
  • S'il y a plusieurs sites d'étude et si la prévalence du génotype ne peut pas être séparée par site, la prévalence combinée de tous les sites d'étude est indiquée avec une punaise placée sur la capitale du pays.