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Molecular Surveyor K13 Méthodologie

L'outil K13 Molecular Surveyor est une carte interactive qui résume la prévalence des marqueurs moléculaires dans la région à « propeller » du gène Kelch 13

Les données incluses ont été directement partagées avec WWARN ou extraites de publications et stockées dans un centre sécurisé de données normalisées.

Toutes les mutations non synonymes dans le gène Kelch 13 impliquant n'importe quel codon après la position 440 (c.-à-d. dans la région à « propeller ») sont capturées avec la date de collecte et des informations géospatiales. Seuls les échantillons prélevés avant le traitement sont inclus.

Pour simplifier la visualisation, toutes les données de la base de données issues du même lieu (même si elles proviennent d'études différentes) sont mises en commun pour chaque année. 

On peut cliquer sur chaque punaise pour ouvrir une fenêtre qui présente des informations détaillées sur les échantillons prélevés à cet endroit. Les fenêtres contextuelles contiennent des liens vers les publications qui permettent d'accéder directement à PubMed.

Les punaises sont colorées selon les dernières définitions convenues du risque de résistance (comme décrites à la page d'accueil) :

  • Un site avec moins de 5 % d'isolats contenant une mutation quelconque dans la région à « propeller » (>440) est coloré en vert ; cela inclut les sites où aucun isolant mutant n'a été observé.
  • Un site où une mutation individuelle dans la région K13 à « propeller » (>440) est observée avec une prévalence ≥5 % est affiché en couleur ambre.
  • Un site où la prévalence totale de toutes les mutations dans la région à « propeller » est ≥10 % est coloré en rouge.

Sous la carte, d'autres visualisations des mêmes données permettent d'explorer l'évolution dans le temps et de comparer deux sites d'intérêt différents de manière plus approfondie.

C'est un domaine de recherche dynamique et ces critères peuvent donc changer à tout moment.

Nous accueillons avec plaisir vos commentaires. Merci de nous contacter par courrier électronique :molecular [at] wwarn [dot] org (molecular [at] wwarn [dot] org(link sends e-mail))